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技術(shù)服務(wù)

 

Small RNA 測(cè)序

技術(shù)簡(jiǎn)介

Small RNA是體內(nèi)一種重要的調(diào)節(jié)分子,主要包括microRNA、siRNA(small interfering RNA)、piRNA(piwi-interacting RNA)三類。 其主要功能是誘導(dǎo)基因沉默,參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等,從而控制細(xì)胞生長(zhǎng)和分化、個(gè)體發(fā)育等生物學(xué)過程。Small RNA測(cè)序采用膠分離手段,收集樣品中 18-30nt  RNA 片段,基于高通量測(cè)序平臺(tái),研究特定組織在特定狀態(tài)下的所有已知 Small RNA,也可發(fā)現(xiàn)物種或組織特異 Small RNA 并預(yù)測(cè)其靶基因,為研究 Small RNA 的功能及基因調(diào)控機(jī)制提供了有力工具。

技術(shù)路線

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送樣建議

物種

濃度 (Qubit)

總量

完整性及純度

植物/真菌Total RNA

≥50   ng/μL

≥3   μg

RIN≥7.5,28S/18S≥1.3;基線平整,5S峰正常;無DNA,蛋白,鹽離子等污染

動(dòng)物Total RNA

≥50   ng/μL

≥3   μg

RIN≥8.028S/18S≥1.5;基線平整,5S峰正常;無DNA,蛋白,鹽離子等污染

原核生物 Total RNA

≥50   ng/μL

≥3   μg

RIN≥8.0,28S/18S≥1.5;基線平整,5S峰正常;無DNA,蛋白,鹽離子等污染

技術(shù)參數(shù)

測(cè)序策略

數(shù)據(jù)量

周期

Small   RNA測(cè)序

HiSeq2500 SE50

10~20M   data

45 個(gè)工作日

案例分析

Small RNA 測(cè)序揭示三七根部發(fā)育過程中miRNA表達(dá)變化圖譜[1]

研究背景            

三七中的三萜皂苷被認(rèn)為是其發(fā)揮藥效的主要生物活性物質(zhì),該物質(zhì)的生物合成以及調(diào)節(jié)機(jī)制尚不清楚。

研究目的

通過 Small RNA 測(cè)序技術(shù),探索三萜皂苷的生物合成及其調(diào)節(jié)機(jī)制。

研究結(jié)果

本文從1齡、2齡、3齡生的三七植株根部提取RNA, 構(gòu)建3個(gè) Small RNA 文庫(kù),利用高通量測(cè)序技術(shù),研究了不同時(shí)期的miRNAs,構(gòu)建了首個(gè)三七根部發(fā)育的 miRNA 圖譜,并通過差異分析,找到了與萜類化合物生物合成相關(guān)的基因,促進(jìn)了對(duì)三七根部皂苷類物質(zhì)的 miRNA 調(diào)節(jié)機(jī)制研究。

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圖1. 三七中miRNAs靶向聚類及其分布

參考文獻(xiàn)

[1]. Wei, R.  et al.  Identification of novel and conserved microRNAs in Panax notoginseng roots by high-throughput sequencing. BMC Genomics, 2015, 16:835, doi:10.1186/s12864-015-2010-6.

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