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宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

技術(shù)簡(jiǎn)介

宏轉(zhuǎn)錄組 (Metatranscriptomics) 是指從整體水平上研究某一特定環(huán)境，特定時(shí)期群體生命全部基因組轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，它以生態(tài)環(huán)境中的全部 RNA 為研究對(duì)象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。相較于宏基因組，宏轉(zhuǎn)錄組能從轉(zhuǎn)錄水平研究復(fù)雜微生物群落變化，能更好的挖掘潛在的新基因。

技術(shù)路線

送樣建議

技術(shù)參數(shù)

案例分析

宏轉(zhuǎn)錄組揭示浮游植物與海洋細(xì)菌之間的相互作用^[1]

研究背景            

遍布世界海洋、結(jié)構(gòu)復(fù)雜的單細(xì)胞藻類——硅藻會(huì)在一種細(xì)菌存在時(shí)以更快的速度生長(zhǎng)，這一細(xì)菌能夠釋放一種已知的可以加速陸地植物生長(zhǎng)的激素。

研究目的

通過宏轉(zhuǎn)錄組和代謝組學(xué)探索這一現(xiàn)象發(fā)生機(jī)制。

研究結(jié)果

研究證實(shí)這些細(xì)菌與硅藻發(fā)生物質(zhì)交換，轉(zhuǎn)而生成了一種由生活在陸地植物根部周圍的微生物生成的激素，進(jìn)而促使硅藻生長(zhǎng)加速。

圖1.多菌體的進(jìn)化系統(tǒng)

參考文獻(xiàn)

[1].  Amin, S. A. et al.. Interaction and signalling between a cosmopolitan phytoplankton and associated bacteria. Nature 522, 98-101, doi:10.1038/nature14488 (2015).