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質譜_SNP檢測

技術簡介

質譜SNP分型技術即是將 PCR 技術與質譜相結合,利用質譜分析對質量靈敏度高的特點,對待檢SNP實現(xiàn)高精度分型。

檢測原理

送樣建議

濃度 (Qubit)

體積

總量

DNA 片段

≥40 ng/μL

≥20 μL

≥0.8μg

DNA 無降解

注:SNP位點數(shù)>50個,每增加50個位點,體積增加10uL。

技術參數(shù)

質譜_SNP檢測10<SNP位點<30

測序策略

反應重數(shù)

周期

檢出率

Mass ARRAY

30X

30個自然日

95%

技術優(yōu)勢

1)通量高、速度快:PCR反應重數(shù)可達30重,大大節(jié)省了檢測時間;運用384板進行檢測,每天最多可實現(xiàn)多達50000SNP的基因分型高通量篩選。

2)成本低:質譜SNP檢測對于大樣本、多位點SNP的檢測,檢測成本要遠遠低于Sanger檢測。

3)準確性高:MALDI-TOF平臺進行檢測檢出率達95%,準確率98%以上。

3)靈活、簡單:可根據(jù)客戶需求對SNP位點的檢測進行巧妙組合,MALDI-TOF平臺能夠自動完成多個實驗環(huán)節(jié),操作簡單并且保證了實驗結果的可重復性。

案例分析

基于多重基因分型及質譜檢測疾病候選基因[1]

研究背景

復雜疾病通常由多種導致疾病易感性的常見遺傳變異支撐。該研究描述了一種成本有效的標簽單核苷酸多態(tài)性(SNP)方法,使用多重基因分型測定與質譜,以研究臨床隊列中的基因途徑關聯(lián)。

研究方法

研究以食物過敏候選基因座白細胞介素13IL13)為例進行了研究。聚合酶鏈反應(PCR)用于擴增靶基因座,然后是單核苷酸延伸,之后使用基質輔助激光解吸/電離-飛行時間(MALDI-TOF)質譜法測量擴增子。使用基因型調用軟件分析原始輸出,使用嚴格的質量控制定義和截止值,確定高概率基因型并輸出用于數(shù)據(jù)分析。

研究結果

該方法通過利用區(qū)域內的共享連鎖不平衡(LD)有效地最大化覆蓋,然后將選定的LD SNP進行多重測定,使得可以同時分析多達40種不同的SNP,從而提高成本效益。

1 IL13 SNP rs1295686的笛卡爾聚類圖

參考文獻

Ashley SE, Meyer BA, Ellis JA, et al. Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry[J]. J Vis Exp. 2018, (136).

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