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人全外顯子組測序

技術(shù)簡介

全外顯子組測序是對人類個體的血液或組織進(jìn)行全外顯子組水平的測序,并對個體或者群體樣本進(jìn)行生物信息學(xué)分析,能夠分析單核苷酸多態(tài)性 (SNPs)、插入、缺失 (InDel) 等外顯子水平變異類型,為篩選致病基因、易感基因和致病位點提供數(shù)據(jù)支持,且對研究發(fā)病致病機制提供可靠信息。

技術(shù)路線

2-1.png

送樣建議

文庫類型濃度 (Qubit)體積總量DNA 片段
DNA小片段文庫≥20ng/μL≥30μL≥1.0μgDNA 無降解


 




技術(shù)參數(shù)

分析類型測序策略數(shù)據(jù)量周期
全外顯子 

DNA 小片段文庫 HiSeq/NovaSeq PE150

100X40個自然日





案例分析

外顯子測序揭示12種癌癥類型遺傳易感性[1]

研究背景            

研究人員很早就知道,患癌的風(fēng)險一小部分是可遺傳的,一些遺傳性基因錯誤在某些腫瘤中則沒那么重要。

研究目的

本研究對 4034 個癌癥患者(包括12 種癌癥類型)進(jìn)行測序分析,探索癌癥遺傳易感性。

研究結(jié)果

114 個已知與癌癥相關(guān)的基因中,他們發(fā)現(xiàn)了存在于所有 12 種癌癥類型中的一些罕見生殖系突變,但根據(jù)不同的癌癥類型它們的突變頻率各異。研究聚焦在一種叫做截斷 (truncation) 突變的類型上,因為大多數(shù)的截斷基因都不能發(fā)揮功能。研究人員還發(fā)現(xiàn)了在乳腺癌以外的一些腫瘤類型中, BRCA1 BRCA2 基因中具有相當(dāng)多數(shù)量的生殖系截斷突變,例如包括胃癌和前列腺癌。這表明這兩種基因有可能與其他的癌癥類型有關(guān)。研究人員調(diào)查了未知意義的 68 個 BRCA1 基因生殖系非截斷突變,結(jié)果發(fā)現(xiàn)有 個突變的行為像截斷突變,使得基因完全喪失功能。這些突變也富集于腫瘤中,這表明它們有可能在癌癥中發(fā)揮 了作用。

t41.png

圖1.    多癌種間少量遺傳和體細(xì)胞突變情況

參考文獻(xiàn)

Lu Charles,Xie Mingchao,Wendl Michael C et al. Patterns and functional implications of rare germline variants across 12 cancer types.[J] .Nat Commun, 2015, 6: 10086.

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